Il verde metile macchia il DNA, ma non è un colorante specifico del DNA. Usato da solo su cellule intere, macchia quasi tutto e in particolare la parete pectocellulosica. Per aumentare la sua apparente specificità, deve essere utilizzato con un colorante complementare.

Nel nucleo, la cromatina è colorata con verde metile, mentre i nucleoli sono fortemente colorati con la pironina. La cromatina corrisponde ai cromosomi interfasici, uno dei cui costituenti è il DNA. A livello dei nucleoli (senza membrana) sono raccolte molte molecole di RNA. Si tratta di molecole di rRNA che vengono sintetizzate e assemblate in subunità ribosomiali a livello dei nucleoli.

Il citoplasma è anche colorato con la pironina. Le spiagge rosa corrispondono ad aree ricche di rRNA; la partecipazione di altri RNA (tRNA e mRNA) alla colorazione è praticamente aneddotica.