Le bleu de méthylène est un colorant cationique dont l'absorption maximale est d'environ 670 nm (Canens 1988). Il a de multiples usages et a été appliqué en sciences biologiques comme colorant depuis le début des années 1900. Souvent, le bleu de méthylène est utilisé en solution comme indicateur d’oxydo-réduction en passant d'une solution bleue à incolore en présence d'un agent réducteur (Prasetyo & Mufakhir 2011). Il peut également être substitué au violet cristal dans la méthode de coloration Gram. Il a également été utilisé comme colorant nucléaire ou pour différencier les composés de la pectine. Chez les plantes, le protoplaste et les parois lignifiées présentent un bleu vif et les composés de pectine présente un bleu violet. Dans les diatomées et autres organismes simples, Stevens (1916) suggère une solution à 0,001% pour colorer les noyaux. Les graines peuvent être colorées à l'aide d'une solution de bleu de méthylène à 1 % pour déterminer l'anatomie de la graine (Orozco-Segovia et al. 2007).