L'acronyme ATAC-seq vient de l'anglais Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing. Il s'agit d'une technique utilisée en biologie moléculaire pour la cartographie des sites d’accessibilité de la chromatine. La méthode ATAC-Seq repose sur la construction d'une banque de séquençage de nouvelle génération (NGS) utilisant la transposase hyperactive Tn5. Le principe de l'ATAC-seq repose sur le mode d'action de la transposase Tn5 sur l'ADN génomique de l'échantillon. Les transposases sont des enzymes catalysant le mouvement de transposons vers d'autres parties du génome. Bien que les transposases naturelles possèdent un bas niveau d'activité, l'ATAC-seq emploie une transposase mutée hyperactive.

Le principe de la méthode consiste  incuber la chromatine en présence de Tn5 transposomes, pour simultanément fragmenter et indexer les fragments d’ADN exposés.  Ce protocole simple et rapide doit cependant être exécuter délicatement pour ne pas modifier la structure de la chromatine et dévoiler des sites aux transposomes.

Les principaux avantages de l'ATAC-Seq par rapport à d'autres techniques, telles que FAIRE-Seq ou DNase-Seq qui étudient des caractéristiques chromatiniennes similaires, sont le nombre inférieur de cellules nécessaires pour le test et la relative simplicité de son protocole en deux étapes.