Le CUT&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation) est une technique hautement sensible nécessitant une faible quantité de matériel biologique pour le profilage des interactions protéine-ADN et des modifications de la chromatine, avec une résolution exceptionnelle et un bruit de fond minimal. Cette méthode repose sur le recrutement dirigé par un anticorps d’une protéine de fusion protéine A/G–Tn5 transposase, permettant une tagmentation in situ et la génération directe de fragments d’ADN prêts pour le séquençage à partir de noyaux intacts ou de cellules perméabilisées, sans nécessiter de fragmentation de la chromatine ni d’immunoprécipitation.
Principaux avantages
- Haute sensibilité et faible quantité d’échantillon requise : adaptée aux expériences utilisant seulement quelques centaines à quelques milliers de cellules, y compris des échantillons cliniques précieux ou des échantillons biologiques limités.
- Rapport signal/bruit élevé : permet de réduire le bruit de fond non spécifique et d’obtenir une identification très précise des pics d’enrichissement pour des analyses épigénomiques robustes.
- Large compatibilité avec les échantillons : applicable aux cellules primaires, aux populations cellulaires triées, aux échantillons congelés, aux échantillons légèrement fixés ainsi qu’aux protocoles monocellulaires.
- Flux de travail simplifié : réduit le nombre d’étapes de manipulation, limitant ainsi les pertes d’échantillons, la variabilité expérimentale et le temps de traitement.
Applications
- Cartographie épigénomique des modifications des histones et des sites de liaison des facteurs de transcription.
- Profilage comparatif de la chromatine entre différents types cellulaires, traitements, stades de développement ou conditions pathologiques.
- Études épigénétiques à faible quantité d’échantillon et analyse d’échantillons cliniques.
- Applications CUT&Tag monocellulaires et indexées pour la caractérisation des paysages chromatiniens spécifiques à certains types cellulaires.
